Nach einem abgebrochenen Studium der Bildhauerei und Erfahrungen als Zeichner für Animationsfilme arbeitete Marcel Keller als Assistent für Bühne und Kostüme bei Prof. Jürgen Rose (Münchner Staatsoper, Hamburger Staatsoper) und bei Filippo Sanjust (Wiener Staatsoper, Covent Garden Opera und La Fenice, Venedig).

Ab Mitte der Achtziger Jahre wirkte er als Bühnen- und Kostümbildner unter anderem an der Münchner Staatsoper, an den Münchner Kammerspielen, am Hamburger Thalia Theater, Schillertheater und Maxim-Gorki-Theater Berlin, Schauspiel und Oper Leipzig, an den Nationaltheatern Mannheim und Weimar, am Wiener Akademietheater, am Staatstheater Stuttgart und an der Comédie Française.

Das Regiehandwerk erlernte Marcel Keller an der Seite von Theatermachern wie Alexander Lang, Peter Zadek und George Tabori.
1993 hatte seine erste Inszenierung am Staatstheater Stuttgart Premiere. Seine Regiearbeiten umfassen Schauspiel, Performance und Musiktheater an Häusern wie dem Neumarkt Theater Zürich, dem Theater Basel, dem Münchner Residenztheater oder den Opernhäusern Augsburg, Magdeburg, Würzburg und Osnabrück. Theaterarbeiten führten ihn nach Atlanta, Boston, Wien, Venedig, Toronto und Singapur.

Von 2002 bis 2010 folgte er einem Lehrauftrag am Institut für Schauspiel und Regie der Universität Mozarteum Salzburg.
Am Landestheater Linz entwarf Marcel Keller das Bühnenbild für Adriana Altaras‘ Inszenierung von „Pariser Leben“, an der Oper Graz inszenierte er 2014 das Musical „Evita“. Seine Inszenierung der „Csárdásfürstin“ am Theater Würzburg erhielt 2017 den Operettenpreis des Bayerischen Rundfunks.